Rupert, ein fränkischer Adeliger aus der Sippe der Rupertiner, verließ 693 - warum wissen wir nicht - seine angestammte Bischofsstadt Worms. Er wandte sich nach Regensburg, da Herzog Theodo mit einer Verwandten Ruperts verheiratet war. Der Herzog erteilte Rupert die Generalvollmacht, im Osten des Herzogtums missionieren zu dürfen. Rupert kam bis zur alten Römerstadt Lorch (= Enns, die Stadt des Martyriums des hl. Florian), hatte aber keinen Erfolg. Auf dem Rückweg - sein nächstes Ziel war Juvavum - machte er in Seekirchen Station, um in Verhandlungen mit dem Herzog sich eine gute Ausgangsbasis für seine Arbeit zu schaffen. Die Zeit in Seekirchen nützte er, um am Westufer des Wallersees, an der Stelle wo die Fischach aus dem See floss, eine Kirche zu Ehren des hl. Petrus errichtete und einweihte. Die rupertinische Kirche in Seekirchen wurde immer wieder zerstört, aber immer wieder von Neuem, größer als zuvor, aufgebaut.
Nach dem positiven Abschluss seiner Verhandlungen zog der hl. Rupert weiter nach Juvavum, dem heutigen Salzburg.
Im 14. Jahrhundert wurde der Pfarrsitz aus Sicherheitsgründen nach Mühlberg verlegt und blieb dort an die 300 Jahre bestehen. Aus dieser Zeit stammt die Bezeichnung „Pfaffenbühel“ für den Hügel südwestlich zwischen Mühlberg und Seekirchen. Wenn der Pfarrer auf seinem Weg nach Seekirchen bei der dortigen Wegkapelle gesehen wurde, läutete man in der Kirche die Glocke. Pfaffe war damals ein üblicher Ausdruck und kein Schimpfwort.